De Musea Maaseik zijn drie entiteiten: het Regionaal Archeologisch Museum, het Apotheekmuseum en de kerkschatten van Sint-Catharina. Elke museumruimte en collectie kent haar eigen geschiedenis.

De collectie Gielen en de oorlogsjaren 1940-1945
Op het eind van de 19de eeuw werd in Maaseik door J. Gielen een eerste poging ondernomen om met zijn privécollectie een museum op te starten. In de oudst gekende toeristische brochure (1904) werd zijn verzameling een toeristische bezienswaardigheid genoemd. In zijn testament wilde Gielen zijn volledige verzameling nalaten mits een aantal voorwaarden. Toen de stad niet op deze voorwaarden kon ingaan, liet Gielen enkel zijn ivoorverzameling aan de stad na. Deze ivoorcollectie, nu te zien in het Regionaal Archeologisch Museum, vormde het startpunt van de museumgeschiedenis van Maaseik.
Door enkele liefhebbers van plaatselijke geschiedenis en folklore werd in de oorlogsjaren het plan opgevat om een 
stedelijk museum op te starten. Zij verzamelden alles wat ze konden: typemachines, prehistorische vondsten, laatmiddeleeuwse objecten… De stad Maaseik had bovendien zelf een aantal voorwerpen in haar bezit: een schilderij uit 1672 met een stadsplan, een glazen welkomstglas, stadsgewichten (1667), het 'Schilderboeck' van Karel van Mander, aangekocht in 1608) en de ivoorverzameling van J. Gielen. Deze verzameling voorwerpen werd ondergebracht in het voormalige koetshuis van ‘het Groene Schild’ aan de Eikerstraat 3 in het centrum van Maaseik.

Neergang en het Apotheekmuseum
Na de bevrijding werd het stedelijk museum gebruikt als opslagplaats van aangeslagen goederen. In deze woelige periode verdwenen dan ook veel objecten. Het museum werd voor korte tijd gesloten en rond 1950 opnieuw geopend met architect G. Daniëls als vrijwillig conservator. Enkele jaren later, in 1957, werd het museum echter wederom gesloten wegens een gebrek aan onderhoud van het gebouw. In de daaropvolgende periode werd het museum geteisterd door vandalisme, diefstal, vochtschade en houtworm.

De ideale gelegenheid voor een nieuwe start deed zich voor in 1959 bij het overlijden van apotheker Guillaume Van
Venckenray. Zijn apotheek, met een authentiek 17e- en 18e-eeuws interieur, was een juweeltje en kon ook het middelpunt worden van een Nieuw Stedelijk Museum. De definitieve aankoop van het gebouw geschiedde uiteindelijk op 2 september 1961: de stad Maaseik werd eigenaar van gebouw én inboedel. In een deel van de tuin werd een nieuwe tentoonstellingsruimte, die uitgaf op de kruidentuin, gebouwd. Hierin werden ook vele hardstenen voorwerpen te kijk gelegd. Op 23 mei 1964 werden deze musea officieel geopend: het Apotheekmuseum, annex Stedelijk Museum, was toegankelijk via de Markt. Naast de ivoorverzameling van J. Gielen stonden in het Stedelijk Museum ook een reeks oude tafelkasten en een reeks van willekeurige en ongeordende voorwerpen opgesteld. 

Professionalisering en het MUSEACTRON
In 1982 verwierf de stad Maaseik een deel van een pand aan de markt van Maaseik, Markt 47, in erfpacht. De eigenares, mw. Tonnaer, schonk dit gebouw aan de stad “teneinde de belangrijkste vondsten uit de Romeinse en Merovingische tijd uit Maaseik en omstreken te kunnen bewaren”. In overeenstemming met de wens van mw. Tonnaer werd in 1982 dan ook in het pand een tentoonstelling geopend met vondsten die afkomstig waren van opgravingen door de Nationale Dienst voor Opgravingen in Maaseik en Ophoven (Kinrooi). Na de openingsreceptie bleef de tentoonstelling echter gesloten omdat de ruimtes van een privéwoning zich eigenlijk niet leenden voor een museale opstelling en ontsluiting. Twee jaar later, in januari 1984, werd de heer H. Heymans aangesteld als eerste conservator met een universitair diploma. Hij was verantwoordelijk voor de invulling van wat men tegenwoordig de basisfuncties van de museumwerking noemt. Vanaf dan werd er koortsachtig gewerkt aan de plannen voor een Regionaal Archeologisch Museum (RAM) waarvoor in 1984 een verantwoordings- en beleidsnota werd ingediend. Met steun van de Vlaamse Gemeenschap en het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling kon men in 1986 beginnen met de bouw van een gloednieuw museum. Het Stedelijk Museum uit 1964 werd afgebroken en vervangen door een passerelle die het Apotheekmuseum en het Regionaal Archeologisch Museum verbond. Op initiatief van de lokale Bakkersbond werd in de kelder van het Apotheekmuseum op 17 mei 1987 het Bakkerijmuseum geopend. Het Regionaal Archeologisch Museum werd op 22 september 1987 geopend. Het museumcomplex (Apotheekmuseum, Bakkerijmuseum en Regionaal Archeologisch Museum) kreeg de benaming MUSEACTRON. Na een grondige restauratie keerden de Angelsaksische weefsels en de Codex Eyckensis, deel van de kerkschatten van de Sint-Catharinakerk, in 1994 terug naar Maaseik. Ze werden er tentoongesteld in speciaal ontworpen vitrines. De stad Maaseik en de kerkfabriek St.-Catharina ondertekenden op 28 maart 1994 een museale bruikleen- en beheersovereenkomst die intussen al meerdere malen werd verlengd. Daarmee behoren ook de Kerkschatten van Sint-Catharina tot de museale werking van de stad Maaseik.

Regionaal erkend museum
Op 10 mei 2004 kregen de Musea Maaseik van de Vlaamse Gemeenschap hun lang verwachte erkenning als Regionaal Museum met bijbehorende subsidies. Dit schiep nieuwe kansen en mogelijkheden voor de daaropvolgende beleidsperiode waarvan dan ook actief gebruik is gemaakt voor o.m. de aanwerving van een extra archeoloog en de aankoop van een aantal privécollecties.
Op 24 februari 2006 stortte de westelijke zijgevel in tijdens de restauratie van 'Den Oraniënboom', het naburige pand van het Apotheekmuseum dat gebruikt werd als hoofdingang van de Musea, waardoor het Apotheekmuseum met spoed diende ontruimd te worden.

De al lang geplande restauratie van het meubilair van het Apotheekmuseum was vanaf medio 2011 tot het einde ervan ter plaatse te bewonderen, waarbij er permanente interactie tussen bezoeker en restaurateur(s) mogelijk was.
Op 6 november 2006 werd tevens het Archeologisch Museum voor het publiek gesloten en volledig ontruimd met het oog op een door het Agentschap Kunsten en Erfgoed en de Provincie Limburg gevraagde actualisering. Het Regionaal Archeologisch Museum kreeg, als onderdeel van Musea Maaseik, een totaal nieuwe, educatieve, gedaante.

In 2008 werd het Regionaal Archeologisch Museum in alle stilte heropend. De publiciteit werd voornamelijk gericht op de tijdelijke tentoonstelling ‘Het Terracottaleger van Xi’an’. Op 23 augustus 2009 kreeg het vernieuwde museum wel de nodige aandacht en werd er een heuse opening georganiseerd, waarbij de Musea Maaseik onder hun nieuwe naam aan het publiek werden voorgesteld. Het Bakkerijmuseum werd niet opnieuw geopend, maar werd in 2009 opgeheven.
Het Regionaal Archeologisch Museum en de oudste privéapotheek van Vlaanderen zijn sindsdien toegankelijk via het pand ‘Den Oraniënboom’, aan de zijde van de Markt, waarin de museumshop en de balieruimte werden ondergebracht. In afwachting van de restauratie van het apotheekmeubilair werd er een tijdelijke tentoonstelling ingericht rond het restauratieproces van het meubilair.
In 2010 werden ook de 
Kerkschatten van Sint-Catharina opgefrist. De ontdekkingskamer in de kelder van het Regionaal Archeologisch Museum werd in de tweede helft van 2010 geopend. Deze nieuwe educatieve ruimte bood veel nieuwe mogelijkheden voor scholen en gezinnen.

Tussen einde 2011 en einde 2012 werd de restauratie van het apotheekmeubilair uitgevoerd door de firma Verstraete en Vanhecke en Architectenbureau Erik Martens, onder begeleiding van het agentschap Onroerend Erfgoed van de Vlaamse overheid. De oude apotheek werd in haar 18de-eeuwse glorie hersteld en de voorwerpen werden opnieuw uitgestald in het nu kleurrijke interieur. In 2011 werd gestart met de nieuwe visie om eigen tentoonstellingen te ontwikkelen. Uitgangspunt was een langzame uitbouw van de omvang van de opeenvolgende tentoonstellingen, rekening houdend met bestaande samenwerkingsverbanden en de toen nog ter beschikking staande personele middelen.